近些年来，许多教堂在翻修时将恢复彩绘玻璃窗户作为了其中的一个重要部分。对于教友来说，这是增强自身信仰热忱的一种方式，而对于外教人来说，这是心目中教堂不可或缺的一个部分。这些玻璃的制作工厂来自于四面八方，既有上海教区自己的工场、也有上海和外省的一些玻璃工厂，甚至不乏从国外进口的作品。

教堂的另外一个重点是彩色玻璃，在教堂内的彩色玻璃都非常特别，用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事，如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引，在教堂内部总共有56个玻璃窗，31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案，但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修，而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。
107,707块彩色玻璃拼成了一面巨大的玻璃幕墙，光线透过蓝色的玻璃，点亮了整个空间。这也是参考了古代基督教教堂的设计。
从耶稣诞生之窗，到耶稣的生母玛利亚的生活片段，温彻斯特大教堂充满着丰富的彩色玻璃。但这些玻璃中的场景，不像大多数教堂窗户那样展示具体的《圣经》事件，而是非常抽象且现代化的外观。
到了中世纪，欧洲无数的天主教教堂都有彩色玻璃窗。然而，直到12世纪，这些窗户都相对简单，规模小，轮廓由厚铁架。这是因为罗马式建筑——一种以厚墙和圆形形式为特征的建筑风格——主导了建筑品味。