整个空间中最醒目的元素就是由彩绘玻璃装饰的空间和玻璃窗格。绿色、蓝色、橙色和红色的方形玻璃拼成的隔板，插入人字形衡量之间，以及楼梯空间的两侧，表现出现有木质结构的几何形状，同时彩色玻璃窗格也暗示着这里过去作为一座教堂的历史。

墙内开花墙外香。除了供应教堂的彩绘玻璃，土山湾孤儿院也接受社会机构和个人的订单。正因如此，目前上海保留下来的有迹可循的土山湾彩绘玻璃都位于公共或是私人建筑上。按照时间先后，分别位于：原法国总会（南昌路47号）和原私人住宅（余庆路190号和瑞金宾馆总统楼）。
对于教堂当中的彩绘玻璃，我们也是都有一点了解，但也仅仅是表面的了解，很多人都没有真正的看到过彩绘玻璃的真实样貌，毕竟在的互联网时代，大家也是足不出户，就可以了解到很多其他地方的事情
到中世纪，欧洲各地无数天主教教堂中都可以发现彩色玻璃窗。但是，直到12世纪，这些窗户还是相对简单，规模较小，并用厚铁框架勾勒出轮廓。这是因为罗马式建筑（一种以厚壁和圆形形式为特征的风格）主导着建筑品味。
而教堂的彩色玻璃，不仅给教堂内带来了光明，也给教堂笼罩上一种神秘的氛围。彩色玻璃上都是一些宗教故事，是为了当年一些不识字的信徒更直观地了解宗教而制作的。