整个空间中最醒目的元素就是由彩绘玻璃装饰的空间和玻璃窗格。绿色、蓝色、橙色和红色的方形玻璃拼成的隔板，插入人字形衡量之间，以及楼梯空间的两侧，表现出现有木质结构的几何形状，同时彩色玻璃窗格也暗示着这里过去作为一座教堂的历史。

彩色玻璃可以说是哥特式大教堂最重要的方面之一，随着彩绘玻璃的流行，主要是在12世纪中叶，彩绘玻璃的出现使一般民众学习宗教的方式发生了重大变化，窗户让圣经故事变成了视觉体验
罗源滨海堂的圣殿由1412平方米的双层玻璃幕墙围合而成，并有着107,707块的彩色玻璃。该设计希望唤醒人们对传统的教堂彩窗的记忆，然而局限的预算下，彩色玻璃需要达到最大程度的标准化来实现造价的控制。因此，建筑师选用了10乘10厘米的正方形彩色玻璃作为基础，色调从深蓝色渐变到淡黄色直至亮白色等共21种，其中局部视觉需强调的区域选用了4乘4厘米的白色磨砂玻璃。
滨海堂的圣殿是一个由双层幕墙组成的艺术圣殿，是拥有着107707块传统彩色玻璃的静谧空间。建筑师在此用抽象拼图的手法设计了大型玻璃情景艺术：“DeProfundis”（深海洗礼）。在幽兰气氛中人们犹如被带入海底深渊，在神圣的光影中再度领受洗礼的救赎。夜幕降临时，当内与外立面之间的幕墙照明系统启动，夜晚的教堂仿佛变身为深夜里的指路明灯。教堂的彩色玻璃表面积达1412平方米，是中国最大的彩色玻璃教堂，也是世界上最大的彩色玻璃教堂之一。在资金非常紧缺的条件下，当地牧者与信徒艰辛建设了近十年，教堂终于完工。
尽管“彩色玻璃艺术”这个词，可能会人们 时间想到中世纪大教堂里的彩绘玻璃，但现代的当代艺术家们正在证明，这种有着千年历史的工艺品绝不是过时的
若是再往前溯源，在欧洲12、13世纪哥特式教堂里，这种彩绘玻璃花窗已经是很惊艳的装饰了，甚至还被誉为「上帝之光」。