教堂的另外一个重点是彩色玻璃，在教堂内的彩色玻璃都非常特别，用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事，如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引，在教堂内部总共有56个玻璃窗，31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案，但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修，而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。

玫瑰花窗作为哥特式建筑的特色之一，在很多中世纪教堂的正门上方都有着一个大圆形窗，镶嵌着很多美丽的彩绘玻璃，最为著名的玫瑰窗就是巴黎圣母院中的玫瑰花窗，作为彩绘玻璃当中的一种，但是玫瑰花窗给人的感觉却更为震撼
梅斯大教堂以其典型的哥特式风格和彩绘玻璃窗而闻名。这些彩绘玻璃窗由13至20世纪的众多艺术家绘制而成，其中包括著名画家马克·夏加尔。正是这些被认为是法国最美的彩绘玻璃，使这座教堂闻名遐迩，而被称为“上帝的彩灯”。
而彩色玻璃不仅要受许多影响其外观的调光因素的制约，还要受相对繁琐、纯粹的结构要求的制约，晴朗的早晨，太阳刚刚升起，如果有人走进夏特雷斯大教堂，你的眼睛就会首先被东边的窗户吸引，然后随着阳光从天空升起，这些窗户将会变得更加明亮