因为大教堂在1642年英国内战期间遭受了破坏，当时奥利弗·克伦威尔的士兵在整个建筑物内横冲直撞，打破了彩色玻璃窗。在后来的修复工作中，艺术家们采用随机拼接的方式，将图案拼凑在一起，形成马赛克瓷砖一样的视觉效果。

而让沙特尔大教堂，成为西方建筑里程碑的地方在于——它采用了新哥特式建筑的所有结构元素：尖拱、肋板拱顶、飞拱，以及彩色玻璃窗。
随着禁令的毁灭浪潮席卷而来，传统彩绘玻璃的技艺几乎失传，直到下一个世纪才被重新发现。19世纪初，英格兰天主教复苏，带动了中世纪教堂哥特式风格的复兴，约翰·罗斯金等人拥护“真正的天主教风格”。许多古老的教堂得到恢复，也促进了彩绘玻璃窗制作的复兴。法国许多教堂在大革命期间也遭到了破坏，从1824年开始，法国瓷器制造商开始生产彩绘玻璃以适应这个时代修复教堂的需求，有许多中世纪优美的彩绘花窗得到了恢复。
彩色玻璃艺术也将12和13世纪的光学技术在巴黎圣母院这个哥特建筑中的一个很伟大的成就之一。这场大火，使得原来的彩色玻璃几乎没有保留，所幸的是有标志性和不可复制性的三朵位于大教堂三个主要入口的玫瑰窗幸存下来。同时这个描绘亚当夏娃的诱惑的小彩色玻璃也是这场劫难中的幸存物。
由于没有直射光进入建筑物，所有光线都经过彩色玻璃过滤，让整个大教堂处于一种绝对的静穆中，安静而从容不迫，更加具有中世纪信仰的神圣性。