早期花窗玻璃多以圣经故事为内容，以光线配合图案的效果感动信徒。而一些教会所在地本地的传说和神话，也会进入其主题之中。近代以来，花窗玻璃彩色玻璃不仅出现在教堂，也在许多一般建筑、室内空间、产品中获得应用。

彩绘玻璃作为一种创意十足的艺术形式，最初的形成是依靠建筑结构系统的演变，哥特式教堂的肋梁，减轻了拱顶的重量，协调各构件之间的关系，将教堂重量转移到外部地基上，从而摆脱了厚重的墙体，减轻了建筑的负担，所有这些因素都使得大面积窗户得以实现
教堂里的花窗即担起了墙体的功能，又能将阳光引入室内，还起到美化与装饰作用，更重要的是，这些彩色玻璃在当时承载着宗教的传播用途，为不识字的普罗大众能以看图的方式了解圣经的故事和人物。
由于没有直射光进入建筑物，所有光线都经过彩色玻璃过滤，让整个大教堂处于一种绝对的静穆中，安静而从容不迫，更加具有中世纪信仰的神圣性。
古代埃及和罗马人都擅长制造小型的彩色玻璃制品。古代腓尼基在玻璃制造业中也占有重要地位，其中心产地是西顿和安条克等地。在公元4-5世纪的早期基督教教堂中，一些木质窗框中镶嵌有经雕琢过的雪花石膏，类似玻璃般的效果。公元7世纪，英国的教堂和修道院已经出现了彩绘玻璃窗。公元675年，圣本笃·波斯哥［］从法国引进工匠，为在芒克威尔茅斯建造的圣彼得修道院窗户进行着色。公元8世纪以后，伊斯兰世界的一些清真寺和公共空间也开始以彩色玻璃装饰，基本以纯粹的几何设计为主，包含花卉和文字图案，不表现人物形象和宗教偶像。